P001—P018 中期全库审计报告

本轮边界

本轮只检查并生成本报告。未删除、移动、合并、重命名或归档文件;未修改来源摘要;未自动晋升候选;未为消除 lint 创建知识页;未改写 index.mdlog.md、候选清单或既有 lint 报告。

1. 总体健康状态

总体判断:机械结构健康,证据治理为黄绿状态,适合继续使用,但不宜把“机械 lint 为 0”解释成“语义风险为 0”。

项目结果
全 Wiki 知识页55 页
全 Wiki 来源页 / 独立 source_family24 / 19
P001—P018 来源页 / 独立 source_family22 / 18
P001—P018 原始材料18 PDF、4 PPTX、1 extracted Markdown
本地 SupplementP001—P018 未发现独立 Supplement 文件
材料完整性23/23 份当前材料的 SHA-256 与批次记录一致
unit_id / source_family0 个错配;P001—P018 在单元层唯一
机械 lint断链 0、孤儿页 0、缺失必需元数据 0、缺失原始链接 0、两来源违规 0、待晋升 0、重复标题/别名冲突 0
Index24 个来源页全部进入 index.md;Stats 与实际一致
严重问题0 个已确认
中等问题7 类
低风险问题6 类

可以确认的健康项

  • 未发现来源摘要链接到错误 PDF。
  • 未发现 PPT 配到错误论文。
  • P009 的 extracted Markdown 与 P009 PPT 连续配对,未误配到其他单元。
  • 未发现本地 Supplement 被配到错误主论文;实际情况是 P001—P018 均无独立本地 Supplement。
  • 未发现同一论文材料被当作多个独立 source_family 计数。
  • 未发现同一 PDF 对应两个不同的“主论文来源摘要”。P005、P006、P008、P009 的同一 PDF 同时出现在论文摘要和组会笔记中,是同 unit_id 下的受控一对多页面,不增加证据数。
  • 未发现原始文件丢失、覆盖或当前材料哈希变化。

2. 严重问题

未发现已确认的严重问题。

重点排除项如下:

  • 18 个主 PDF 均与各自论文标题、DOI/文章号、研究主题和来源摘要一致。
  • 4 个 PPT 的首页标题及内容锚点均与对应论文一致:P005、P006、P008、P009。
  • P009 的 PDF、PPTX、extracted Markdown 只计为 P009 一个科学来源。
  • P005 的双语版本和 P013 的精确副本尚未被重复计入证据。
  • P008 历史上曾误写 P005 PPT,但当前两个来源页和批次记录的更正段均已指向正确 P008 PPT。

3. 中等问题

M01|Inbox 中仍有“已处理但看起来未处理”的结构

  • 00-Inbox/试运行/P001P018 共 18 个空目录全部保留;批次记录也明确写了“原目录保留为空”。
  • 由于 00-Inbox 被定义为“未处理资料的唯一入口”,这些目录会让人或后续代理误判 P001—P018 仍未处理。
  • 00-Inbox/试运行/文献一+Single-cell+RNA+sequencing+identifies+molecular+biomarkers+predicting+late+p.pdf 与 P005 主论文 DOI 相同,是 54 页中英交替版本,不应作为新证据。

当前没有重复计数。批次记录中曾提到的 P013 与 ADC 综述同哈希副本,本轮在当前 Vault 中均未找到;不得再把历史记录当作当前文件状态。剩余风险主要是空目录和 P005 双语版本触发再次 ingest。

M02|P003 的证据层级元数据不合理

2026-07-15 ncRNA介导HER2阳性肿瘤曲妥珠单抗耐药机制 的正文、PDF 首页和“文献类型”均表明它是叙述性综述,但 frontmatter 为:

source_level: primary

应当人工确认后改为 secondary。这不影响 unit_id 配对,但会错误抬高证据层级。

M03|P006 原始 PPT 含明确机制错误和临床过度推断

2026-07-15 P006组会讲解笔记——CDK4-6抑制剂耐药综述 已正确隔离这些问题,因此当前 Wiki 没有把错误写成论文结论;但原 PPT 仍是高风险阅读材料:

  • 第 4 页把 RB 磷酸化写成“激活 RB 并释放 E2F”;正确方向是 RB 磷酸化使其抑癌功能失活并释放 E2F。
  • 第 7、14、16、20—22 页把候选策略、在研方案或个人预测写得接近常规临床路径。
  • 第 16 页按少量基因改变简单二分是否推荐 CDK4/6 抑制剂,缺乏原综述支持。

人工核验时必须以论文 PDF 和组会笔记中的分层表为准,不能直接复用 PPT 结论页。

M04|P004 的关键 PFS p 值存在论文内部冲突

2026-07-15 艾立布林用于转移性三阴性乳腺癌的回顾性研究 已保留:

  • 摘要:匹配后艾立布林 vs 铂类 PFS p=0.006
  • 正文:同一比较 p=0.008

摘要没有擅自统一数值,这是正确处理;但在回看 Figure 2、统计输出或 Supplement 前,不能把任一值标成已确认最终值。

M05|P005、P006、P008 缺少 extracted Markdown,视觉遗漏风险高

单元PPT 结构风险建议
P00519 页、72 个图片对象、17 个 notesSlide;第 3—17 页多为 UMAP、热图、通讯图、KM 与多面板图很高优先补转 Markdown;但图中数值仍须回看 PPT/PDF
P00623 页、54 个图片对象、3 个原生表格;机制图、药物表和试验表集中补转 Markdown,重点保留表格行列和页面编号;转换不能纠正机制错误
P00825 页;第 8 页无可见文本,第 19—22 页以图片承载 Table/Figure优先补转 Markdown,并人工复核旋转表格和多栏顺序
P00923 页、60 个图片对象,已有完整 extracted Markdown仍有图像风险不建议重复转换;WB、IHC、曲线和坐标轴继续人工查看

M06|候选规范化存在一个确定性漏合并

候选晋升清单 把 P013 的 CDK4-6抑制剂耐药 显示为“1 个来源、继续观察”,而规范页标题是 CDK4/6抑制剂耐药,且该规范页已经把 P013 纳入 sources。

这是连字符与斜杠没有归一化造成的候选状态假阴性,不应创建新页。正确方向是把它并入既有 CDK4-6抑制剂耐药

M07|Supplement 缺口限制部分关键数字和方法复核

以下单元的摘要已明确标出缺口,但本轮仍无法完成独立复核:

  • P001:在线补充表/图、sgRNA 和引物。
  • P002:DLT、疗效及标志物 Supplement 表。
  • P004:安全性 Supplement 表和冲突 p 值来源。
  • P005:Supplementary Materials 1—4、Figure S7/S8 和完整基因表。
  • P007:补充图表与部分方法。
  • P009:Y158、FGFR3、BRG1/MRE11 相关补图和方法。
  • P010:Table S1、S2—S4 及补图。
  • P011—P012:Supplemental Methods、药理特异性和代谢/异种移植细节。
  • P014—P018:补充队列、模型、空间/多组学、PDO 与分型细节。

这属于证据完整性缺口,不代表摘要已错;但涉及 Supplement 的精确数字仍应保持 待核验

4. 低风险问题

L01|P010 的 DOI 可从本地 PDF 核验,但摘要仍写“未确认”

P010 PDF 全文可检出 10.1126/scitranslmed.adr5861。当前摘要没有写错,但元数据完整度不足,后续可人工补齐。

L02|原始文件名与论文正式题名有少量冲突或缩写

  • P001 文件名写 DS-8210,论文正式题名和正文为 DS-8201
  • P006 文件名含 HR+HER2+阳性,论文实际对象为 HR+/HER2− 转移性乳腺癌;PPT 首页和来源摘要均写对。
  • P009 文件名写 BRG1 MRE,正式机制名称为 BRG1/MRE11

原始文件名按规则保留即可,但人工配对时不要只看文件名。

L03|Figure、Table 和页码格式基本可用,但尚未完全统一

  • 主流格式是 Figure N,PDF 第 x—y 页
  • P007 同时使用“正文 PDF 第 x 页”和“图版第 x 页”,原因是作者手稿正文与图版分离。
  • P014 明确提醒投稿系统的 Page x of 476 不是本地 PDF 总页数。
  • P008 的旋转表格和 P004 的 Supplement 表需要视觉核验,线性文本页码不足以完全定位。

L04|HUMAN-NOTE 区域没有被破坏,但模板覆盖不一致

  • P013—P018 的 6 个 HUMAN-NOTE:START/END 块均完整,当前只含占位提示,没有发现人工内容被截断或覆盖。
  • P001—P012 没有标准化 HUMAN-NOTE 块;这不等于内容丢失,但后续如统一模板,应先确认用户是否需要补建保护区。

L05|P009 extracted Markdown 的角色在 Wiki 中清楚,但原始提取文件本身无“retrieval-only”头标

P009 当前仅保留论文与知识笔记;原演示文稿提取文本已从网站发布内容中移除。

L06|历史更正记录完整,但当前状态需要读到后段才能看懂

  • P006、P008 批次记录前段保留了摄取时的“存在重复副本”说法,后段已追加“当前库未找到该副本”的复核更正。
  • log.md 保留了 P008 早期误配路径,后续 update 已纠正。
  • 这符合 append-only 纪律,但读者必须以最新更正段为当前状态。

5. P001—P018 各单元状态

单元材料与配对摘要/证据状态主要风险结论
P001PDF-only;题名、DOI、模型匹配体外 + BT-474 异种移植分层清楚文件名 DS-8210;无 Supplement通过,低风险
P002PDF-only;临床前 + I 期序贯试验匹配同步/序贯、DLT 与探索性疗效分开单臂小样本;关键 Supplement 缺失通过,需人工复核 Supplement
P003PDF-only;综述匹配综述局限、miR-21 冲突已记录source_level: primary 不合理配对通过,元数据待修
P004PDF-only;回顾性研究匹配PSM、残余混杂和非显著 ORR/DCR 已限定p=0.006/0.008 内部冲突通过,统计定位待核验
P005PDF + 19 页 PPT;高置信配对原论文、作者解释、汇报人解释分开无 extracted;图像密集;同 DOI 双语副本留在 Inbox通过,视觉审计优先
P006PDF + 23 页 PPT;高置信配对综述证据与 PPT 临床化建议分开RB–E2F 错误;无 extracted;文件名疾病亚型误导通过,PPT 高风险
P007PDF-only;作者手稿匹配细胞、动物/PDX/类器官与临床相关分开高体外浓度、药物非特异、双重分页、无 Supplement通过,需方法复核
P008PDF + 25 页 PPT;当前配对正确综述、临床证据与未来方向分开无 extracted;旋转表格/图片页;历史误配已纠正通过,视觉审计优先
P009PDF + PPT + extracted;三者连续匹配机制、PDX/患者关联和 PPT 观点分开小样本、无 Supplement、PPT 数值/语气放大通过;extracted 仅 retrieval-only
P010PDF-only;EOC 转化研究匹配患者、原代 T 细胞、小鼠、CAR-T 分层清楚非乳腺癌主体;DOI 未写入;无 Supplement通过,元数据待补
P011PDF-only;机制研究匹配PDX/PDXO、IHC 与药理特异性边界清楚Spautin-1/9-ING-41 特异性;无 Supplemental Methods通过,药理待核验
P012PDF-only;机制研究匹配mTORC1、自噬缺陷、代谢脆弱性和人组织关联分开临床可达暴露、时序和 Supplement 缺失通过,转化边界明确
P013PDF-only;临床综述匹配跨试验比较、毒性和实时状态边界清楚Inbox 精确副本;候选连字符/斜杠漏合并通过,结构待整理
P014PDF-only;多组学研究匹配组学关联、体外因果和免疫逃逸分开投稿分页干扰、Supplement 缺失通过,HUMAN-NOTE 完整
P015PDF-only;Article in Press 匹配3D/PDX/异种移植与人体横断面分开未编辑版本、免疫缺陷模型、无 Source Data通过,HUMAN-NOTE 完整
P016PDF-only;多组学模型研究匹配内部/外部 AUC 和临床不可直接使用已限定Supplement、插补和锁模复算缺失通过,HUMAN-NOTE 完整
P017PDF-only;SHR-A1811 空间转化研究匹配HR 分层、空间关联和模型外部性分开Xenium 小样本、同中心验证、无 Supplement通过,HUMAN-NOTE 完整
P018PDF-only;MUKDEN 分型研究匹配回顾性分型、PDO 与 IHC 替代边界清楚小亚组、数据内选择、无 Supplement通过,HUMAN-NOTE 完整

6. Wiki 结构审计

6.1 机械结构

  • 断链:0。
  • 候选孤儿页:0。
  • 重复标题或别名冲突:0。
  • 55 个知识页均具备 schema 要求的 frontmatter;24 个来源页还具备来源页扩展字段。
  • 实体、概念、对比页的 frontmatter source_count 与按唯一 source_family 计算的实际来源数一致。
  • 没有违反两来源规则的正式实体、概念或对比页。
  • 没有大量空壳页。6 个页面正文较短,但均有 2—3 个独立来源且含实质综合:HER3、T-DXd、TROP-2、ADC序贯治疗、ADC耐药机制、同源重组缺陷。

6.2 Index、log、批次与候选清单

  • index.md 已列出全部 24 个来源页;P001—P018 的 22 个来源页无遗漏。
  • P001—P018 各有一份批次记录;23 份当前材料哈希均能在对应记录中找到。
  • log.md 包含 P001—P018 ingest 及分批 lint,末次记录明确进入全库语义审计阶段。
  • 候选清单总体与来源页同步;唯一确定性偏差是 CDK4-6CDK4/6 的规范化漏合并。

6.3 目录与归档路径

  • 未发现错误的可见顶层目录,也未发现第二套 01-Group Study Literatures06-Wiki
  • 05-Archive 当前仅有 README 与 .gitkeep;P001—P018 实际归入 01-Group Study Literatures,来源页链接与实际路径一致。
  • .claude/agents.claude/commands.claude/skills 是空的隐藏目录,不影响当前 Wiki,但属于可清理与否需用户决定的遗留结构。

7. 候选晋升审计

7.1 已有至少两个独立 source_family 的候选

以下候选均已存在规范页,因此本轮没有新的候选应自动晋升

对比

  • PI3K抑制剂耐药的PTEN反馈与自噬缺陷代谢脆弱性:2(P011、P012)。
  • T-DM1与T-DXd的结构和耐药差异:2(ADC 综述家族、P001)。

概念

  • ADC序贯治疗:2;ADC耐药机制:2。
  • CDK4/6抑制剂耐药:4(P005、P006、P007、P013)。
  • DNA损伤反应:5(P001、P002、P008、P009、P010)。
  • PARP抑制剂耐药:2;PARP捕获:3;同源重组缺陷:3。
  • PI3K-AKT-mTOR信号通路:4;PI3K抑制剂耐药:2。
  • 上皮-间质转化:2(P014、P015)。
  • 新辅助治疗反应预测:2(P016、P017)。
  • 肿瘤免疫微环境:5(P005、P010、P014、P017、P018)。

实体

  • Alpelisib:2;BRCA1/2:2;CDK4/6抑制剂:3。
  • HER2阳性肿瘤:4;HER3:2。
  • HR阳性HER2阳性乳腺癌:2;HR阳性HER2阴性转移性乳腺癌:3。
  • PARP1:2;PARP抑制剂:4。
  • PI3K抑制剂:3;PIK3CA突变乳腺癌:3;PTEN:2。
  • T-DXd:2;TROP-2:2。
  • 三阴性乳腺癌:4;乳腺癌:17;抗体偶联药物:3。

7.2 可晋升为正式概念页的候选

无新增候选。 所有达到两家族阈值的候选已经有规范页。CDK4-6抑制剂耐药 不是新概念,应并入已有 CDK4/6抑制剂耐药

7.3 暂不应晋升的候选

以下类别都只有 1 个独立家族,或虽相似但定义不一致,应继续等待:

  • 单篇机制轴:ATR–CHK1–FoxO1–HER3、FGFR3–PARP1 Y158–BRG1/MRE11、RUNX1–PDGF-BB、TYK2 机械转导、PTEN 二聚化、mTORC1 自噬缺陷、PARPi 诱导 T 细胞损伤。
  • 单篇模型/标志物:MOPCR、MUKDEN、IHC 替代分型、p-Y158 PARP1、HER2 空间异质性、ctDNA 分子分型。
  • 单篇药物或蛋白:FGFR3、BRG1、MRE11、RUNX1、PDGF-BB、OGT、USP10、GSK3β、TYK2、IFNAR1、EPHA2、LYN、TWIST1、SHR-A1811、capivasertib、everolimus 等。
  • 单研究内部比较:SG 同步 vs 序贯、HR 阴性 vs HR 阳性 SHR-A1811 反应、四种 MUKDEN 亚型、软/硬基质、TYK2 遗传/药理抑制、未改造/工程化 CAR-T。

7.4 重复出现但不能简单等同的主题

  • CDK4/6“早期/晚期进展”不等于“原发/获得性耐药”。 P005 的分组含时间、部位和样本构成;P006 是综述框架。可比较,但必须先统一定义。
  • 肿瘤免疫微环境方向不单一。 P005 同时观察免疫浸润和抑制通讯;P010 是 PARPi 对 T 细胞的直接损伤;P014 是转移淋巴结生态;P017/P018 是 HER2 阳性新辅助反应/分型。
  • P011 与 P012 的 PI3Ki 耐药机制可能并存。 PTEN 功能反馈和 mTORC1–自噬缺陷代谢脆弱性不是互斥分类,也没有头对头比较。
  • P014 与 P015 对 EMT 的证据层级不同。 P014 是配对组织磷酸化通路富集与迁移模型;P015 提供 ECM–TYK2–TWIST1 机械链。
  • P016 与 P017 都是新辅助反应预测,但输入、方案和验证方式不同。 MOPCR 不能与 SHR-A1811 空间/病理模型直接排名。
  • P017 的 HER2-LUM 空间特征不能与 P018 的 MUKDEN 亚型互换。 二者只共享 HR+/HER2+ 疾病实体。
  • P008/P009/P010 的 PARP 主题方向不同。 P008 是临床综述,P009 是肿瘤内在 trapping/耐药,P010 是免疫细胞毒性;不能把“增强 trapping”无条件视为全身获益。

7.5 存在冲突证据的候选或主题

  • P003 的 miR-21 等 ncRNA 方向在不同研究中不一致,不能晋升为单向耐药标志物结论。
  • P004 的铂类 PFS p 值存在同篇论文内部冲突。
  • PARPi 的免疫激活与 T 细胞直接损伤可以并存;这是细胞类型和时间尺度不同,不宜标为简单互相推翻。
  • TYK2 抑制的肿瘤细胞转移风险来自免疫缺陷模型,尚不能与人体免疫获益/风险作净效应结论。

8. 值得建立的对比页与 Canvas

8.1 对比页建议

  1. PARP trapping 的肿瘤杀伤、耐药解除与 T 细胞毒性:P008、P009、P010;价值最高,能防止把 trapping 写成单向“越强越好”。
  2. CDK4/6 抑制剂原发/获得性耐药与早期/晚期进展的定义边界:P005、P006、P007、P013;先定义分组,再比较机制。
  3. 新辅助反应预测的多组学模型与空间病理模型:P016、P017;比较输入、验证、可迁移性,不做 AUC 直接排名。
  4. HR+/HER2+ 乳腺癌的空间反应决定因素与转录组分型:P017、P018;强调互补而非等同。
  5. PARP 抑制剂适用人群、耐药标志物与 FGFR3–PARP1 轴:P008、P009;可作为现有 PARP 耐药概念页的证据边界扩展。

8.2 Canvas 建议

  • DNA 损伤与 PARP 网络图:P001、P002、P008—P010;连接 ADC 载荷、PARP trapping、HRD、肿瘤耐药和 T 细胞损伤。
  • CDK4/6 抑制剂耐药多层图:P005—P007、P013;区分细胞周期旁路、微环境、翻译后修饰和临床分层。
  • PI3K 通路“治疗—耐药—代谢—毒性”图:P011—P013,并预留 Inbox 中 2026 高血糖共识的未来独立摄取位置。
  • 新辅助疗效预测方法图:P016—P018;分开多组学、空间病理、转录组分型和 IHC 替代层。

本轮不创建任何对比页或 Canvas。

9. 不应强行连接的文献

  • P002 与 P004 都是 mTNBC 治疗研究,但药物、设计和目标完全不同;除 TNBC 实体外不应作直接疗效横比。
  • P001 与 P003 都涉及 HER 家族,但前者是 T-DXd 适应性 HER3 机制,后者是曲妥珠单抗/ncRNA 综述;不能合并为同一耐药轴。
  • P010 以卵巢癌患者和 PARP1 工程化 T/CAR-T 为主体,不应因为 PARPi 主题而写成乳腺癌临床结论。
  • P011/P012 的临床前机制不能因 P013 的临床综述而自动升级为患者获益证据。
  • P014/P015 只在 EMT/转移这一稳定概念上连接,不支持把 PRKCB 磷酸化轴与 TYK2 机械转导写成同一路径。
  • P016/P017/P018 共享新辅助或 HR+/HER2+ 背景,但研究问题不同,不应合并模型、亚型或疗效分母。

10. 推荐人工核验顺序

  1. P006 PPT 第 4、14、16、20—22 页:先处理明确机制错误与临床建议放大。
  2. Inbox 状态:确认 18 个空 P 目录和 P005 双语版本应如何标记为“已处理/重复”,避免再次 ingest;同时保留“历史同哈希副本当前不存在”的更正语义。
  3. P004 Figure 2、摘要、正文和在线 Supplement:确定 p=0.006/0.008 的来源。
  4. P005 与 P008 PPT 图版:核对 UMAP/热图/KM、旋转 Table 1、Figure 2、Table 2 和脚注;之后再补 extracted Markdown。
  5. P009 PPT 第 5—21 页:以原 PDF 核对 WB、IHC、曲线、p-Y158 与患者/PDX 小样本。
  6. P002、P005、P009—P012、P014—P018 的 Supplement:优先补齐直接支撑精确数字、模型和方法的附件。
  7. P003 元数据与 P010 DOI:属于低成本、确定性高的修订。
  8. 候选规范化和对比页决策:先修正 CDK4-6/CDK4/6,再决定是否沉淀 PARP trapping 对比。

11. 推荐修复顺序

以下仅为未来方案,本轮未执行

  1. 建立可机器识别的“已处理单元/重复材料”清单,先解决 Inbox 重复摄取风险;任何移动或归档仍需用户确认。
  2. 更正 P003 source_level,补 P010 DOI。
  3. 统一候选规范化:把 CDK4-6抑制剂耐药 映射到 CDK4/6抑制剂耐药,从生成逻辑上消除假候选。
  4. 为 P005、P006、P008 补 extracted Markdown,并在组会笔记继续保留“只用于检索,不替代视觉核验”的限制。
  5. 人工核验 P004 p 值和 P006 PPT 的高风险页;不修改原始 PDF/PPT,只更新 Wiki 解释层。
  6. 补齐高价值 Supplement 后,再更新精确数字、Figure/Table 定位和证据边界。
  7. 最后统一引用格式与 HUMAN-NOTE 模板;这不是当前医学风险的优先项。

12. 修复可能涉及的文件清单

12.1 原始材料与 Inbox 状态(需用户授权后才能移动或归档)

  • 00-Inbox/试运行/P001P018 空目录。
  • 历史审计时记录的 00-Inbox/试运行/文献一+Single-cell+RNA+sequencing+identifies+molecular+biomarkers+predicting+late+p.pdf(当前 Vault 已无该文件,故保留为历史路径文本而非 Wiki-link)。

12.2 来源摘要与组会笔记

12.3 维护与工具

  • 候选晋升清单:由脚本重建,不应手工直接修补。
  • .agents/tools/build_index.py:候选同义/标点规范化逻辑。
  • .agents/tools/vault_lint.py.agents/tools/wiki_utils.py:如统一规范化,应同步规则与回归测试。
  • 06-Wiki/log.md:未来实际修复完成后只追加新记录,不回写历史。

13. 本轮未处理与不确定项

  • 未联网核对 PMID、2026 实时指南、监管状态、试验招募和药物可及性。
  • 未获取任何在线 Supplement 或 Source Data。
  • 未对所有 PPT 图片做逐像素视觉重读;已通过结构、可见文本、备注数量和高风险页进行筛查。
  • 未判断 Inbox 中其他未处理资料的摄取优先级。
  • 未决定是否创建新对比页或 Canvas。
  • 未对任何医学含义、合并、改名、删除、移动或归档作实际修改。